Ghodel’s Weblog

Mendeskripsikan fungsi utama daerah fungsi, insulator dan LCR dan
bukti eksperimen yang menunjang struktur ini

Christina Desy E. BIJ006119
Dani Sapto Ari S. BIJ006121
Patmi Indriastuti BIJ006125
K27-MS-08

Daerah fungsional adalah daerah DNA eukariotik di sekitar gen yang dapat
diidentifikasi dengan diberi perlakuaan DNAse I, sedangkan fungsi utama dari daerah
fungsional adalah untuk mengkode protein supaya gen itu dapat di ekspresikan.

Figure. A functional domain in a DNase I sensitive region.
Insulator merupakan daerah yang membatasi daerah funngsional yang berukuran 1-
2 kb. Fungsi utama insulator adalah sebagai berikut:
1. Menghilangkan efek posisional, yaitu ekpresi gen yang disisipkan ke dalam suatu
kromosom eukariot daerah kromatin yang kompak dimana gen tersebut inaktif tanpa
insulator
2. Menjaga independensi dan mencegah “cross talk” antara domain-domain fungsional
yang berurutan dengan gen yang terikat pada insulator.

Gambar. Insulator sequences in the fruit‐ ‐ ‐ ‐fly genome.

Fungsi insulator ini didukung oleh protein pengikat DNA, pada Drosophilla Su
(Hw) yang secara khusus terikat oleh isulator. Daerah-daerah yang sensitive terhadap
DNAse I terletak di sepanjang kedua sisi gen-gen yang diekspresikan dan memiliki
konfigurasi terbuka. Domain fungsional ini dibatasi oleh saequense insulator scs
(spesialised chromatin structure) yang terdapat pada kedua sisi gen hsp dari lalat buah.

Locus Control Region (LCR) adalah suatu urutan DNA yang berperan dalam
pembentukan dan pertahanan domain fungsional yang terbuka dalam konfigurasi aktif dan
juga dapat mengurangi efek posisional, misalnya pada LCR globin yang terletak sekitar 12
kb upstream gen-gen globin. LCR globin mengandung 3 situs DNA hypersensitive, pada
situs ini nukloesom mengalami modifikasi karena sifatmnya aksesibel terhadap protein
pengikat DNA. Protein tersebut mengontrol struktur kromatin dalam domain fungsional.

DAFTAR PUSTAKA
Brown, T.A (2002) DNA in Genomes, 2nd ed.,
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.chapter.6840
Diakses tanggal 15 November 2008

SITUS TERKAIT
http://genesdev.cshlp.org/content/20/11/1447.abstract
http://mcb.asm.org/cgi/content/abstract/21/8/2629
http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/29/16/3356

<!– @page { size: 8.5in 11in; margin: 0.79in } P { margin-bottom: 0.08in; widows: 0; orphans: 0 } P.cjk { font-family: “Lucida Sans Unicode”, sans-serif } TD P { margin-bottom: 0in; widows: 0; orphans: 0 } TD P.cjk { font-family: “Lucida Sans Unicode”, sans-serif } A:link { color: #0000ff } –>

Pada dasarnya sel eukariot (manusia, tumbuhan, insekta, dan ragi) dan prokariot (bakteri) mempunyai jenis genome yang berbeda, perbedaan organisasi genom pada manusia,tumbuhan,insekta,ragi dan bakteri adalah tergantung pada penggolongan organisme tersebut maka dari itu harus dipisahkan ( lihat gambar 1).

Gambar

1. Sel eukariot (kiri) dan prokariot (kanan).

Sumber : Brown, T.A (2002) Anatomy Genomes

Perbedaan Organisasi Genom pada Manusia,Tumbuhan,Insekta,Ragi dan Bakteri

Pada organisme prokariot ( bakteri) Escherichia coli, mempunyai ukuran genom sebesar kurang lebih 4.600 kilobasa (kb), suatu informasi genetik yang mencukupi untuk sintesis sekitar 3.000 protein. Suatu jumlah yang hanya cukup untuk menyandi lebih kurang 470 protein. Dengan protein sesedikit ini spesies bakteri tersebut memiliki kemampuan metabolisme yang sangat terbatas.

Sedangkan pada organisme eukariot ( manusia, tumbuhan, insekta,dan ragi) pada dasarnya sama yang membedakan adalah

1. ukuran genom tersebut.

Tabel 1. Ukuran genom eukariot.

1. Genom-wide repeat.

Organisasi genom ragi lebih efisien dari manusia karena, lebih sedikit intron, dan ruang antara gen relatif pendek/singkat, sehingga gen sangat padat. Sedangkan manusia ruang antara gen sangat panjang, dan terdapat intron yang banyak. Pada lalat buah sendiri ruang antara gennya relatif cukup panjang.Ini dapat dilihat pada tabel 2.

Tabel 2. Kepadatan genom manusia, ragi, dan lalat buah.

Pada tumbuhan sendiri organisasi genomnya sangat menarik, pada suatu tanaman memiliki genom yang lebih besar dari ukuran genom manusia yaitu 5000 Mb tetapi ini lebih efektif dari pada manusia.

Daftar Pustaka

Brown, T.A (2002) Anatomy Genomes,

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.5234

diakses tanggal 24 September 2008

Situs Terkait

• http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ncicgap/

Welcome to WordPress.com. This is your first post. Edit or delete it and start blogging!